Tras la caída en desgracia de Godoy, y con la ocupación francesa, el palacio fue ocupado por el mariscal Murat. Durante su estancia o en años posteriores el edificio fue perdiendo parte de su decoración, incluyendo algunos cuadros de gran valor artístico.
Más tarde el Palacio de Godoy llegó a ser sede de la Real Biblioteca, pero poco después se convirtió en la Casa de los Ministerios. El motivo fue que algunas secretarías de estado o ministerios, que ocupaban una parte del Palacio Real, se establecieron en el de Godoy.
A mitad de siglo XIX subsistía en el edificio el ministerio de la Marina. Por esas fechas también se instaló aquí el Museo Naval.
¿Qué secretos se esconden bajo el asfalto y el cemento que reviste nuestras ciudades? ¿Cuántas historias se ocultan bajo nuestros pies? Algunas de estas preguntas se han podido responder ahora, gracias a las obras de remodelación de la plaza de España en Madrid, las cuales han puesto al descubierto hallazgos arqueológicos del palacio Godoy.
Los yacimientos hallados en el eje de la calle de Bailén y la plaza de España de Madrid son restos arqueológicos que datan del siglo XVIII, correspondientes a los sótanos del Palacio de Godoy. Sin embargo, las primeras hipótesis apuntaban a las antiguas Caballerizas Reales de la Regalada, levantadas durante el reinado de Felipe.
En las obras, iniciadas a principios de septiembre, se han descubierto muros y tabiques realizados en ladrillo y calicanto, suelos de granito, techos abovedados y escaleras de acceso. Todo ello en muy buen estado. Según los informes se han encontrado «tres cámaras abovedadas comunicadas entre sí por el sótano y con ramales que parecen pasar al resto de habitaciones en el este del edificio», «un horno de pan» en la cara norte, una «entrada de recogida de aguas de desecho» hacia el exterior de Bailén y «las escaleras por las que se accede a los sótanos y galerías».
